Facturation électronique médecin : guide 2027 + top plateformes BNC

Si vous exercez la médecine en libéral — généraliste, spécialiste, conventionné secteur 1, secteur 2, hors-conventionné, médecin expert ou médecin du sport — la réforme de la facturation électronique vous concerne à compter du 1^er septembre 2027. À cette date, toute note d’honoraires émise vers une entreprise française (laboratoire, mutuelle entreprise, médecine du travail, expertise pour assureur, vacation en clinique privée) devra transiter par une Plateforme Agréée (PA, ex-PDP). Les honoraires perçus de patients particuliers relèveront du e-reporting. Ce guide détaille les particularités du médecin libéral et compare les plateformes les mieux placées sur ce segment BNC très spécifique.

Particularités du médecin libéral face à la réforme

Le statut de médecin libéral combine plusieurs spécificités qui pèsent sur le choix de plateforme. Comprendre ces spécificités évite de payer pour des fonctions inutiles ou, à l’inverse, de choisir un outil qui ne couvre pas l’essentiel.

Conventionné secteur 1, secteur 2, hors-conventionné

La majorité des médecins français sont conventionnés secteur 1 : tarifs opposables fixés par la convention CNAM, peu de dépassements d’honoraires (sauf DE / OPTAM), facturation très standardisée via FSE / SESAM-Vitale. Pour ces médecins, l’essentiel des recettes est du B2C (patients particuliers) qui passera en e-reporting — pas en e-invoicing complet. Les honoraires B2B (vacations en clinique, expertises pour assureurs, médecine du travail à domicile, conventions avec mutuelles) restent minoritaires mais bien réels.

Les médecins secteur 2 et hors-conventionnés ont une plus grande latitude tarifaire et émettent davantage de notes d’honoraires détaillées, parfois vers des entreprises (médecine du sport en club professionnel, médecine esthétique en clinique privée). La part B2B y est plus significative.

Les médecins experts (judiciaire, assurance, médecine légale) sont à l’inverse majoritairement en B2B : leur volume de notes d’honoraires électroniques sera élevé.

RPPS, FSE, SESAM-Vitale : pas la même chose que l’e-invoicing

Beaucoup de médecins se demandent si FSE (Feuille de Soins Électronique) via SESAM-Vitale est déjà une forme de facturation électronique conforme 2027. Non. La FSE est un flux médecin → CPAM pour le remboursement, pas un flux médecin → entreprise cliente au sens de la réforme DGFiP. Les deux systèmes coexistent et n’interagissent pas :

• FSE / SESAM-Vitale = flux Sécurité sociale, télétransmission via lecteur de carte Vitale, hors champ DGFiP
• e-invoicing PA = flux DGFiP pour les factures B2B, format Factur-X, hors patients particuliers

Pour un médecin secteur 1 dont 95 % de l’activité est patient/CPAM, l’impact de la réforme est limité aux quelques notes d’honoraires B2B annuelles. Mais ces quelques notes doivent être conformes 2027, faute de quoi l’amende article 1737 III CGI s’applique (50 € par facture, plafond 15 000 €/an). Tolérance permanente pour la première infraction réparée sous 30 jours.

Exonération de TVA des actes médicaux

Les actes médicaux à finalité thérapeutique sont exonérés de TVA au titre de l’article 261-4-1° du CGI. Cette exonération concerne consultations, soins, actes diagnostiques et thérapeutiques. À l’inverse, certaines activités sont soumises à TVA : médecine esthétique non réparatrice, expertises judiciaires (selon nature), ventes de matériel ou compléments. Une PA gère nativement les deux régimes sur la même plateforme et applique automatiquement la mention adéquate.

Factures complémentaires et dépassements

Pour les médecins pratiquant des dépassements d’honoraires (secteur 2, OPTAM, hors-convention), les factures complémentaires destinées aux mutuelles entreprises sont des flux B2B qui transiteront en e-invoicing à partir de 2027. Idem pour les conventions avec entreprises (médecine du travail, médecine inter-entreprises, conseil). Vérifier que la PA choisie permet l’émission rapide de ces factures complémentaires en plus des notes B2C.

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Critères de choix pour un médecin libéral

Cinq critères structurent la décision pour un cabinet médical, du solo au groupement.

1. Confidentialité médicale et stockage France

Le secret médical (article R.4127-4 CSP) impose une discipline forte sur les données. Une PA n’accède qu’aux données de transaction (montant, date, SIRET du destinataire entreprise, mention TVA) — jamais au diagnostic ni au contenu de l’acte. Ce détail clinique reste dans votre dossier patient (Hello Doc, Doctolib, Médistory, Crossway, Axisanté). Vérifier impérativement que la PA stocke les données en France, est conforme RGPD et limite les accès. Toutes les PA recommandées ici (Indy, Tiime, Pennylane) sont françaises et storage_country: fr.

2. Intégration logiciel cabinet médical

Les principaux logiciels de cabinet (Hello Doc, Doctolib facturation, Médistory, Crossway, Axisanté, Weda) gèrent généralement la FSE et la facturation patient en interne. La PA doit s’articuler sans rupture avec eux : soit via un connecteur natif (rare aujourd’hui sur 2026), soit par un export comptable propre récupérable côté cabinet. Demander à votre éditeur de logiciel cabinet sa roadmap PA avant 2027 — la plupart annoncent des connecteurs avec Indy et Pennylane pour 2026-2027.

3. AGA médecin et déclaration 2035

La majorité des médecins libéraux adhèrent à une AGA spécialisée médecine (AGAMED, AGA Médecins, AGAPS, etc.) pour bénéficier de la non-majoration des 15 % du bénéfice imposable. La PA doit produire un export FEC compatible AGA, ou s’intégrer directement à votre logiciel comptable habituel. Indy automatise la déclaration 2035 complète, ce qui peut rendre l’AGA optionnelle — mais vérifier avec votre AGA car l’avantage fiscal reste lié à l’adhésion en plus de la production de la 2035.

4. Simplicité — facturation entre rendez-vous

Un médecin émet ses notes d’honoraires entre patients ou en fin de demi-journée, sans aller-retour ergonomique acceptable. La PA doit permettre une note d’honoraires en moins de 2 minutes (sélection client, montant, date, mention TVA, envoi). Indy et Tiime sont les meilleures sur ce critère ; Pennylane demande un peu plus de temps en raison de la richesse fonctionnelle.

5. Mobile pour visites à domicile et déplacements

Médecins traitants en visites à domicile, médecins de garde mobiles, médecins du sport en club : l’application mobile mature (iOS/Android) permettant la note d’honoraires depuis le smartphone est un confort réel. Les trois PA recommandées disposent d’apps fonctionnelles.

Top 3 plateformes pour médecin libéral

Indy — l’autonomie 2035 + URSSAF pour le médecin solo

Indy est immatriculée Plateforme Agréée par la DGFiP le 9 janvier 2026. Pour un médecin libéral solo, son atout différenciant est l’automatisation de la déclaration 2035 et de l’URSSAF dans le même flux que la facturation. Plan Essentiel gratuit couvrant facturation, exonération TVA médicale, déclaration 2035 et URSSAF. Plans Plus à 9 €/mois HT et Premium 12-49 €/mois HT pour automatisations supplémentaires (sources : indy.fr/tarifs, fetched 2026-05-03).

Limites pour médecin : mono-utilisateur (impossible en cabinet de groupe avec secrétaire ou collaborateur), pas d’intégration native avec les logiciels métier (Hello Doc, Doctolib facturation), pas de support téléphonique. Pour un médecin solo en cabinet individuel qui veut la conformité 2027 sans cabinet comptable, Indy est la solution la plus directe.

Tiime — le cabinet médical avec comptable partenaire

Tiime est immatriculée Plateforme Agréée par la DGFiP le 18 décembre 2025. L’écosystème Tiime Apps + Tiime Compta + Tiime Business (compte pro IBAN FR + Mastercard) couvre les besoins d’un cabinet médical 1-3 personnes ayant un comptable externe. Plan Free gratuit à vie, plans Smart 18 €/mois HT et Business 25 €/mois HT (sources : tiime.fr/tarifs, fetched 2026-05-03).

Tiime est particulièrement adapté à un cabinet de deux à trois médecins associés ou à un médecin secteur 2 avec secrétariat — multi-utilisateurs natif (basique), e-signature pour les conventions de remplacement et les contrats de collaboration, support FR sous l’heure. Le compte pro IBAN français évite les frictions d’un compte pro à l’étranger (Wise, Revolut Business).

Pennylane — la maison médicale et le groupement

Pennylane est immatriculée Plateforme Agréée par la DGFiP le 11 décembre 2025. Plan Basique 14 €/mois HT (1 utilisateur), Essentiel 24 €/mois HT, Premium 79 €/mois HT avec module compta complet et déclarations TVA (sources : pennylane.com/fr/tarifs, fetched 2026-05-03).

Pennylane devient pertinent dès qu’un cabinet médical atteint 5 personnes et plus — maison médicale pluridisciplinaire (médecin + infirmier + kiné + psychologue), centre de santé, groupement de spécialistes en SELARL. Multi-utilisateurs avec gestion fine des permissions, prévisionnel cash-flow, intégration cabinet comptable externe (Pennylane se branche sur n’importe quel cabinet, ce qui est un standard de fait). Tarif d’entrée 14 €/mois HT plus élevé qu’Indy ou Tiime, justifié à partir d’une certaine taille uniquement.

FAQ médecin

Suis-je concerné si tous mes patients sont en CPAM (FSE) ?

Oui, dès que vous facturez ne serait-ce qu’une expertise, une vacation en clinique ou une convention avec une entreprise (mutuelle, médecine du travail). Ces flux B2B doivent passer en PA à partir de septembre 2027. Pour le reste de votre activité B2C, c’est de l’e-reporting (données agrégées transmises à la DGFiP par votre PA).

Le secret médical est-il respecté avec une PA ?

Oui. La PA n’accède qu’aux données de transaction (montant, date, SIRET destinataire, mention exonération TVA), pas au diagnostic ni au motif de consultation. Le contenu clinique reste dans votre logiciel cabinet (Hello Doc, Doctolib, Médistory, Crossway). Les PA citées sont françaises, hébergées en France, conformes RGPD.

Mon AGAMED / AGA médecin est-il compatible ?

Oui. Toutes les AGA médecins acceptent l’export FEC standard que produisent les PA. Pour aller plus loin, Indy automatise la déclaration 2035 directement, ce qui peut rendre l’AGA optionnelle — vérifiez avec votre AGA car l’avantage fiscal reste lié à l’adhésion.

Sources

• Liste officielle des Plateformes Agréées — DGFiP — 132 immatriculées + 14 en attente, 146 au registre au 13/05/2026
• Article 261-4-1° du CGI — exonération TVA actes médicaux
• Code de déontologie médicale — secret médical (art. R.4127-4 CSP) — Conseil National de l’Ordre des Médecins (CNOM)
• CNAM — convention médicale et FSE / SESAM-Vitale — flux Sécurité sociale (hors champ DGFiP)
• FCGA / AGAMED — annuaire des AGA médecins
• Indy — tarifs — fetched 2026-05-03
• Tiime — tarifs — fetched 2026-05-03
• Pennylane — tarifs — fetched 2026-05-03

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